As duas formas estão corretas e são reconhecidas pelo Vocabulário Ortográfico da Academia Brasileira de Letras.
Exemplos:
Hein? Como assim?
Eu, hein!
Hem? Não entendi!
Eu, hem!
ATENÇÃO:
Embora muitas pessoas a utilizem, não existe a interjeição “Heim!”.
“Hein!” é a forma mais usada, mas a forma “Hem!” é a mais adequada às regras ortográficas da língua portuguesa.