Por que falamos “Amar a Deus”, se o verbo amar é transitivo direto?

Sim, o verbo amar é transitivo direto, portanto, a preposição nesse caso não é necessária.

Podemos perfeitamente dizer “Amar Deus sobre todas as coisas”, no entanto, a tradição religiosa nos leva a usar a construção “Amar a Deus sobre todas as coisas”.

O uso da preposição, segundo Evanildo Bechara, serve para “encarecer o ser personificado”, ou seja, para indicar respeito ou fervor.